人工牛黄甲硝唑胶囊最严重不良反应为高剂量时可引起癫痫发作和周围神经病变，后者主要表现为肢端麻木和感觉异常。某些病例长期用药时可产生持续性周围神经病变。其他常见的不良反应有：(1)胃肠道反应，如恶心、食欲减退、呕吐、腹泻、腹部不适、味觉改变、口干、口腔金属味等。(2)可逆性粒细胞减少。(3)过敏反应，皮疹，荨麻疹，瘙痒等。(4)中枢神经系统症状，如头痛，眩晕，晕厥，感觉异常，肢体麻木，共济失调和精神错乱等。(5)其他有发热，阴道念珠菌感染，膀胱炎，排尿困难，尿液颜色发黑等，均属可逆性，停药后自行恢复。
甲硝唑可透过胎盘，迅速进入胎儿循环，故而对孕妇禁用。甲硝唑在乳汁中浓度与血中相似，故哺乳期妇女不宜使用。若必须用药，应中断授乳。如果在使用中发生中枢神经系统不良反应，应及时停药。用药期间不应饮用含酒精的饮料，否则患者可出现腹部痉挛﹑恶心﹑呕吐﹑头痛﹑面部潮红等。肝功能减退者本品代谢减慢应减量使用。
