先天性心脏病患者有少数可以自愈，但是也有随着年龄的增长逐渐出现并发症。症状较轻的患者可以应用药物保守治疗，手术治疗是主要的治疗方式，包括根治手术、姑息手术和心脏移植，适用于各种先天性心脏病，如室间隔缺损、房间隔缺损、动脉导管未闭，也可用于复杂的先天性心脏病，如合并有肺动脉高压、法洛四联症及其他有明显症状的心脏病。近年来，介入治疗发展比较迅速，有球囊扩张和封堵器封堵缺损，可用于动脉导管未闭、房间隔缺损和室间隔缺损而且不合并其他并发症的先天性心脏病。
