胚胎发育早期胎停，多考虑为染色体异常。流产发生越早，胚胎染色体异常情况越高。早期流产中染色体异常占50%以上，中晚期流产中占30%。胎停的原因包括内分泌失调、黄体功能不足、多囊卵巢综合征、高泌乳素血症；内科疾病如糖尿病、甲状腺功能异常；生殖器官疾病包括子宫畸形，即单角子宫、双角子宫、双子宫、子宫纵隔，还有子宫内膜息肉、子宫黏膜下肌瘤、子宫宫腔粘连、宫腔损伤；男性精液质量不好也是胚胎质量不佳的原因，可导致胎停。
免疫异常往往是两个方面的原因，即自身免疫异常和同种免疫异常。自身免疫异常即患者体内有抗精子抗体、抗卵巢抗体、抗透明带抗体产生。另外，同种免疫异常会发生封闭抗体缺乏。感染因素包括细菌感染、支原体和衣原体感染，还有病毒感染即巨细胞病毒感染和疱疹病毒感染、弓形体感染。
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