新生儿呼吸机辅助呼吸主要是用在新生儿有呼吸衰竭的时候，呼吸机辅助呼吸最常见的是用在新生儿呼吸系统的疾病，如早产儿呼吸窘迫综合征、新生儿败血症引起的呼吸衰竭，或者严重窒息引起新生儿脑病等相应的指征。
呼吸机辅助通气分两种情况：一种是无创的通气，也就是经过鼻塞，不用做气管插管进行的无创通气。另一种是在无创通气不能代替的情况下需要用有创通气，也就是要做气管插管才能进行机械通气。新生儿呼吸机辅助呼吸说明病情比较严重，同时辅助呼吸时间要根据原发病的情况而定，同时也会带来相对比较高的医疗费用。
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