试管婴儿的取卵手术最开始需要全身麻醉，在腹腔镜下经行。随着阴道超声的普及，现在取卵手术在阴道超声的引导下进行，已不需麻醉，在短短数十分钟内就可以完成。手术虽然简单，但是有风险，如腹腔内出血，膀胱出血，损伤周围脏器等。
如何避免风险，需要医患双方的密切配合。
患者在进入试管流程之后就开始少吃容易造成肠胀气的食品，如豆类食品。如果手术当日肠胀气明显，会造成超声下手术视野不清晰，增加手术难度及风险。患者术中尽量放松身体，如果肌肉紧绷影响超声探头的活动，手术医生会加重操作的力度，造成手术难度增加，患者的躯体疼痛增加。每位患者的卵巢位置不同，因此每位患者痛感不同。有严重盆腔粘连及子宫内膜异位症的患者可能会比其他患者疼痛更甚。术后患者应减少活动，增加饮水，多排尿。手术后阴道内及卵巢表面均有细小伤口，如果剧烈运动可能造成出血，严重者需住院观察甚至手术治疗。促排卵后的卵巢体积增大，如果取卵术后剧烈运动可能造成卵巢扭转，严重者需手术治疗。
