低烧反复发作的原因有如下几大类：
1、病灶清除不彻底或感染病灶在体内继发二次感染，在身体感染细菌、病毒或病原微生物的时候，尤其在感染非典型性病原体，例如支原体和衣原体的时候病情容易迁延不愈，或因免疫力低下时导致二次感染和耐药菌株的二次感染，因此会出现低热而且反复发作的临床症状。
2、低烧反复发作的原因从中医学的角度，通常是因为体质过虚而引发的热邪和湿邪入体，因肾虚、气虚和血虚而诱发和导致的。
3、如果从西医学角度，低烧反复发作的原因还和内分泌疾病有关，例如甲状腺功能亢进时会出现上述临床症状和临床表现。
