一般我们认为，环境因素和遗传因素认为是先天性畸形发生发展过程起关键作用的两个因素。其中，环境因素约占10％, 遗传因素约占25％, 环境因素与遗传因素相互作用和原因不明者约占65％。
有些唇腭裂患者在其直系或旁系亲属中可发现类似的畸形发生，因此认为唇腭裂与遗传有一定关系。遗传学研究认为，唇腭裂属于多基因遗传性疾病。有文献报告，27％的唇腭裂来自遗传，且有显性和隐性遗传之分，但未必代代相传。
其实唇腭裂的遗传性也不可一概而论，唇腭裂又分为综合征型和非综合征型两大类。非综合征型唇腭裂是指单发的唇裂、腭裂、或唇裂合并腭裂，占整个面裂畸形的70％以上，它是一类排除了其他系统畸形和综合征性的唇腭裂。非综合征型唇腭裂遗传率很低。综合征型唇腭裂是指伴有其它系统畸形的唇裂、腭裂、或唇腭裂，多有家族史，如Robin序列征(腭裂伴小下颌畸形)等。
综合征型唇腭裂遗传率相对要高，临床统计资料显示，亲属关系愈密切，患病率愈高。另外也受患者性别的影响，如唇裂及唇腭裂，男性患病率高于女性，而男性患者的子女通常仅有唇裂，但女性患者的子女则较易同时发生唇裂与腭裂。
有唇腭裂家族史的，出生的婴儿患唇腭裂的比率可能会略高，有资料报告，父母一方是唇裂的，其子女的发病率可高达2.6％-5.6％。
人的遗传物质主要靠细胞里的染色体来携带，染色体有23对，其中1对决定性别，称性染色体，其余22对为常染色体。如果染色体携带的基因是能表现出其特征的叫显性遗传，反之为隐性遗传。胎儿从父母各接受一条染色体，当两条均为隐性遗传基因，才会出现畸形。
唇裂是一种常染色体隐性遗传，它不是每代都能表现出畸形的，只有当其外表健康的父母都带有致病的基因，那么他们的子女中有1/4会发生唇裂，1/2子女表面健康而实际带有致病基因，只有1/4子女是健康的。
这里有一份关于遗传问题的资料，是我当学生时老师给我们讲的：
（1）若双亲都正常，生育第一位唇腭裂子女的可能性为1/550;
（2）若双亲都正常且一位子女有唇腭裂，生育第二位唇腭裂子女的可能性为1/20;
（3）若双亲都正常且第一及第二位子女有唇腭裂，生育第三位唇腭裂子女的可能性为1/25;
（4）若双亲中有一位唇腭裂患者，生育唇腭裂子女的可能性为1/25;
（5）若双亲中有一位唇腭裂患者且一位子女有唇腭裂，生育第二位唇腭裂子女的可能性为1/25;
（6）若双亲都是唇腭裂患者，生育第一位唇腭裂子女的可能性为1/25。这一数据仅仅只能做为参考。
