自身免疫性疾病根据系统可以分类，最常见的有结缔组织病，例如类风湿关节炎，系统性红斑狼疮，皮肌炎，硬皮病等；神经肌肉疾病，如多发性硬化病，重症肌无力和脱髓鞘病变等；内分泌疾病，如原发性肾上腺皮质萎缩，慢性甲状腺炎以及青年型糖尿病、甲状腺功能亢进等；消化系统疾病，有慢性非特异性的溃疡性结肠炎，慢性活动性肝炎以及恶性贫血和萎缩性胃炎；泌尿系统疾病，可见于自身免疫性肾小球肾炎、肺肾出血性综合征；血液系统疾病，有自身免疫性溶血，特发性血小板减少性紫癜和特发性白细胞减少症等。
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