胆汁反流性胃炎的病因分为器质性和功能性，器质性的病因主要是胆系的疾病，如胆囊切除术后胆系的结石，这一类疾病建议口服熊去氧胆酸，调节胆汁分泌治疗，可以改善胆汁的反流。
第二种情况是功能性的疾病，主要是胃和十二指肠的蠕动功能不协调，导致十二指肠的胆汁反流到胃中，侵害了胃黏膜，有时可以反流到口中，让患者感觉到口苦。对于这一类的病人可以口服胃动力药，如多潘立酮、莫沙必利以及中和胆汁的药物，如铝碳酸镁、硫糖铝等。对于这种功能性的胆汁反流年轻人非常常见，往往是因为精神压力过大、生活不规律所造成的，因此平时生活上也要注意劳逸结合、饮食规律。
