肺囊肿一般不影响寿命，当患者的胸片、肺CT出现肺囊肿时，如果临床症状不明显，无需特殊的治疗。如果患者出现急性感染的症状，例如发热、咳嗽、咳黄痰时，需要完善相关检查，评估可能感染的致病微生物，并给予相应的治疗，例如细菌感染者可以使用抗生素的治疗。非典型致病菌感染者可以使用大环内酯类的抗生素、喹诺酮类的抗生素。如果患者出现剧烈的咳嗽，可以口服止咳的药物。当患者出现有痰咳不出时，可以使用祛痰的药物。如果患者肺囊肿比较局限，多次出现感染，有手术指征时，可以考虑手术的治疗。
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