乙肝的治疗，主要是抗病毒治疗。目前，我国和世界同步，拥有六种核苷类似物口服抗病毒药物和聚乙二醇干扰素。六种核苷类似物抗病毒药物分别是拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦、替比夫定、替诺福韦、丙酚替诺福韦。2015年，慢性乙肝防治指南，推荐恩替卡韦和替诺福韦为一线抗病毒药物。2018年随着丙酚替诺福韦在我国上市，专家共识补充丙酚替诺福韦也为一线抗病毒药物，即开始应用抗病毒药物首选恩替卡韦或替诺福韦、丙芬替诺福韦。聚乙二醇干扰素，由于其达到表面抗原阴转率高，能使更多的乙肝患者功能性治愈，也被普遍应用。目前，更多的应用于表面抗原定量小于1500的乙肝患者，能让近1/3的患者表面抗原阴转，达到根治乙肝的目的。
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