有些类型的结膜炎有自限性，可以不用药，但大多数结膜炎需要用药。
不同原因引起的结膜炎，所用的药物也不一样，比如：过敏性结膜炎需要用抗过敏的药物，甚至激素（如氟米龙滴眼液）；细菌感染引起的结膜炎，则需要给予抗细菌的药物（如：左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等）；病毒引起的结膜炎则需要给予更昔洛韦滴眼液等抗病毒药物。
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