神经内镜手术的并发症以经鼻内镜手术为例，脑脊液鼻漏永远是首当其冲的并发症，颅内感染、嗅觉丧失、鼻中隔偏曲，以及副鼻窦出现炎症，早期可能是副鼻窦积液，如果积液不及时处理可能会出现鼻窦炎。还有就是与肿瘤有关系，比如垂体瘤病人手术以后会出现垂体功能低下，激素瘤病人可能对垂体功能影响不是很大，早期也需要激素补充，但是很快激素就可以停用。如果肿瘤已经侵袭到颅神经，包括视神经、眼神经，如果已经侵袭到这些神经手术以后可能会出现视力无法达到正常的情况，或者病人出现眼球活动障碍、动眼神经麻痹，都是手术的并发症。最严重的方向就是手术之后鼻腔大出血、鼻衄，如果手术当中损伤颈内动脉，基本上是灾难性的，死亡率非常高。
