第一方面，由于试管婴儿治疗中需要用药物进行促排卵治疗，这个时候女性体内的雌激素水平非常高，卵巢增大，容易出现卵巢过度刺激综合征、卵巢扭转这样的情况；第二方面，试管婴儿治疗需要进行取卵手术，可能出现手术感染、出血，以及脏器的损伤。第三方面，为了提高试管婴儿的成功率，会给患者移植超过一枚的胚胎，就会出现多胎妊娠的情况。多胎妊娠可能增加早产率，流产率以及产科的各种并发症。目前由于辅助生殖技术的提高，单胚胎移植是一大趋势，因此多胎妊娠的几率是下降的。此外试管婴儿也有可能出现宫外孕。虽然医师会把胚胎植入到子宫最好的位置，但是植入之后胚胎不是马上着床，而是有一段时间的游走，在这段时间胚胎可能游走到子宫之外着床，此时就发生宫外孕。一旦发生宫外孕，一定要及时的治疗。但试管婴儿的促排卵治疗不会导致卵巢早衰，虽然正常的女性每个月只有一枚卵子发育成熟并且排卵，但每个月实际消耗掉的卵子至少是15-20个以上，药物的作用就是把这些即将消耗掉的卵子重新挽救回来，使它最终也可以成熟，而不是提前消耗了储存的卵子。
