肝脓肿分为细菌性肝脓肿和阿米巴肝脓肿，大部分肝脓肿是可以治愈的。
对于细菌性肝脓肿，通常针对大肠埃希菌和金黄色葡萄球菌，少量针对厌氧菌对症予以抗生素治疗（比如头孢三代抗生素，加硝基咪唑类抗生素），对于脓肿已成熟的脓腔，可予以穿刺引流。
而对于阿米巴肝脓肿，通常选用抗阿米巴治疗，选用硝基咪唑类或者是其他抗疟药物
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