痰菌结果阴性也不能完全排除肺结核，因为有部分活动性的肺结核患者本身不排菌或排菌量很少。
痰抗酸杆菌涂片发现不了，所以对于出现结核疑似症状的患者，如长期咳嗽、咳痰、痰中带血，并伴有长期低热、盗汗、乏力等，三次痰涂片均为阴性的情况下，符合下列条件之一可作为临床诊断病例，具体如下：
1、胸部影像学检查显示与活动性肺结核相符的病变，且伴有咳嗽、咳痰、咳血等肺结核可疑症状。
2、胸部影像学检查显示与活动性肺结核相符的病变，且结核菌素试验强阳性或γ干扰素释放试验阳性者。
3、胸部影像学检查显示与活动性肺结核相符，且肺外病灶的组织病理学检查提示为结核病变者。
4、三次痰涂片阴性的疑似肺结核病例，经诊断性治疗或随访观察可排除其他的肺部疾病者。
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