尖锐湿疣的治疗原则是局部祛除疣体，尽可能消除疣体周围的亚临床感染和潜伏感染，减少复发。祛除局部的疣体可以采用物理治疗如冷冻、电灼、刮除或者激光，大的疣体可以采用手术切除的方式。
消除疣体周围的亚临床感染或潜伏感染可以通过两种方式，首先可以采用光动力的治疗。光动力可以清除肉眼看到的残存疣体，以及疣体周围潜伏的病毒。另一个方式是可以外用药物治疗，可以采用咪喹莫特乳膏，或者鬼臼毒素酊外涂，但要注意药物的不良反应。减少复发可以应用转移因子，胸腺肽注射的方式进行系统治疗，也可以采用α-干扰素凝胶局部外涂。
