磁共振的成像主要是靠人体体内的氢质子，身体的大部分器官核磁共振都是可以做检查的，加上现有的磁共振序列很多，多数疾病可以通过磁共振平扫及弥散加权序列、增强检查等，作出诊断。比较有优势的检查，如中枢神经系统的疾病及脑胶质瘤的定性诊断、分级诊断等。在骨骼肌肉系统方面，磁共振以完美的分辨率可以看到很多细微的结构，对诊断也很有帮助。
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