L-半胱氨酸在临床上主要是作为痰液稀释剂来使用，能够稀释痰液，促进痰液的排出。在使用过程中部分患者会出现副作用，如果直接将这个药物滴入呼吸道，可能会产生大量的痰液，这时容易导致痰液误流入到气道深部，反而会加重炎症。另外可能会导致呛咳，比如出现支气管的痉挛，甚至导致恶心、呕吐等副作用。一般在使用过程中对于支气管哮喘的患者是禁止使用的，否则可能会导致气道受阻更严重，加重支气管哮喘的症状，引起窒息甚至导致死亡。
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