肛门闭锁的临床表现跟肛门闭锁的类型有明确的关系，如果出现肛门闭锁时伴有瘘口，比如会阴瘘，舟状窝瘘，就可能在正常的肛门开口的地方没有肛门开口，大便会从这些瘘口流出来。
如果瘘口比较小，大便稍干燥，就会出现排便费力，腹胀，甚至呕吐的表现。
还有一些肛门闭锁患儿不伴有瘘口，在肛隐窝没有正常的肛门开口，这类患儿便会较早出现腹胀和呕吐的表现。
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