腰穿的正规操作后，几乎是无后遗症的，但是由于患者疾病的不同，以及留取脑脊液的多少会有相应的并发症。有的患者会出现腰穿后的腰疼，此时给予热敷即可。也有患者会出现低颅压头痛，患者需要多喝水以及去枕平卧，低颅压头痛的症状持续数日后既会消失。另外有一些患者由于颅内的占位，颅内压较高，腰穿过程中也有脑疝的可能。还有一些患者会出现神经根的损伤，出现神经根的疼痛。还有会出现出血以及局部感染等。
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