流行性感冒的病原是流感病毒，流感病毒是一种RNA病毒，分为甲、乙、丙三型，又根据外部抗原、血凝素和神经氨酸酶抗原性的差异，将甲型流感病毒分为不同亚型，抗原变异是流感病毒独特的、最显著的特征。甲型流感病毒极易发生变异，但流感病毒可以出现抗原漂移和抗原转变，前者编码表面抗原基因点突变累积，导致抗原位点的改变，属于量变，变异幅度小，后者由于基因组重排导致新的亚型变异，属质变，变异幅度大。
甲型流感可以出现大型变异、亚型变异和变种变异。根据抗原变异的大小，人体的原免疫力对变异的新病毒可完全无效或部分无效，从而引起流感流行。乙型流感病毒也易发生变种变异，丙型流感病毒一般不发生变异。甲型流感病毒常引起大流行，病情较重，乙型和丙型流感病毒引起流行和散发，病情相对较轻。
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