肛门囊肿主要表现为肛门坠胀感，大便有排不尽感觉，其他也无明显症状。症状主要和囊肿大小有关，囊肿小可以无任何表现，囊肿逐渐增大时坠胀感明显，大便可能会变形或者形状不规则。用手触摸感觉成囊性，质偏软，血常规检查或者是局部穿刺检查，中性粒细胞基本上在正常范围之内。检查明确诊断首选的是B超，B超下可以看到椭圆形均匀低点状回声，同时内部也有无血流信号，基本上可以诊断是肛门囊肿。如果伴发感染时可能回声不均匀，出现增强回声或者无回声团块。
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