先天性心脏病有遗传性，在怀孕期间，子宫内的胎儿心血管发育异常导致，这是小孩最常见的先天性心脏疾病。在胚胎发育阶段受到某些因素影响，比如放射线或者药物，引起心脏某个部位发育异常导致停顿，遗传因素主要是染色体畸变，像房室间隔的缺损和动脉干的畸形，与第21号染色体长臂某些区带的过度复制，还有缺血性有关系。另外发现在第7号、12号、15号，还有22号染色体上也有形成心血管畸形的基因，所以母体在怀孕期间一定要去正规医院，整个孕期定期监测，尤其是怀孕7个月左右的时候，一定要注意检查孩子心脏发育情况。
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