婴儿先天性心脏病的原因包括先天性因素，例如母孕期是否存在感染、高危因素、妊娠期糖尿病、妊娠期高血压、妊娠期甲状腺功能异常等。孕早期是否存在先兆流产或者宫内是否存在先天的病毒感染，孕早期有无接触致畸药物、食物以及理化因素的影响，如接触放射线等，这些情况都可以引起婴儿的先天性心脏病。
基因变异或遗传背景都可以导致先天性心脏病的发生，例如携带先天性心脏病的相关致病基因，或者家族中存在先天性心脏病的家族史，这类婴儿患有先天性心脏病的概率会高于其它儿童。部分婴儿的病因尚不明确，比如是内因和外因共同作用的结果。无论何种原因，一旦明确为先天性心脏病，建议完善心脏彩超，以评估先天性心脏病的类型。
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