为了防止结核性脑膜炎复发，需要早期给药、合理选药、联合用药以及系统治疗。这时应该应用三联以上的抗结核药物进行治疗，常用的药物包括异烟肼、利福平和吡嗪酰胺，轻症的患者治疗三个月后可停用吡嗪酰胺，再继续应用异烟肼和利福平七个月。如果是耐药菌株可以加用第四种药物，比如链霉素或乙胺丁醇，利福平不耐药菌株总疗程九个月足够，如果是利福平耐药菌株，需连续治疗18-24个月，而且还可以进行抗结核药耐药的基因学检测以指导临床治疗，同时要注意抗结核药常见副作用，比如影响肝肾功能等。
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