射频消融手术和外科开胸的心脏手术相比不痛苦，射频消融手术是将一根管子从下肢或者上肢静脉或者动脉穿刺进入，然后到达心脏，在心脏特定的位置进行放电消融。在做血管穿刺时患者可能会有一些刺痛，和打针的疼痛差不多。在放电消融时有的患者会感觉胸闷、胸痛，一般持续的时间只有数秒钟，痛苦程度也不大。个别患者由于对疼痛比较敏感，可能在做射频消融手术时会出现胸闷、胸痛的时间比较长，这种情况下医生会使用镇静药物进行止痛，所以射频消融手术整体痛苦比较小，是一种微创手术。
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