肠镜的检查有一定的痛苦性，首先在做肠镜之前需要喝泻药，需要喝大量的水分，大概在3000mL左右，有些人可能在喝泻药的过程中比较痛苦，有的人不能耐受大量的饮水，可能会造成呕吐。做肠镜本身也有一定的痛苦，肠镜是经肛门进镜，大概进1m左右到达回肠末段，观察整个肠子表面的结构以及病变。对于体型比较适中，然后既往腹部没有做过手术的人来说，肠镜的痛苦性相对较小。对于既往做过腹部的手术，多多少少都可能有点肠粘连，包括妇科的手术，再有就是体型过胖或者过瘦的病人，做肠镜的痛苦性相对要大一些。
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