长期便秘患者可以通过药物、手术治疗等方式治疗。对于功能性消化不良、肠道菌群失调症、肠功能障碍等消化功能紊乱引起的便秘症状，可以选用活菌类药物，如枯草杆菌二联活菌片、乳酸菌素片、米曲菌胰酶片等。此类药物能够快速调节消化道菌群失衡的现象，达到增强肠胃蠕动加速排泄物排出的目的。另外可以配合助消化类的药物以增强患者消化系统的功能，包括健胃消食片、铝碳酸镁咀嚼片、猴头菌提取物颗粒等。对于肠梗阻、直肠癌、结肠息肉等其他消化系统疾病所造成长期便秘症状，需要结合患者的实际病因，制定相对应的治疗方案，如灌肠疗法、外科手术、药物治疗等。
