引起食管闭锁的可能原因有：胎内压过高、食管上皮的闭塞、食管血供异常、局部组织分化生长异常等。
食管和咽部都是由前肠衍变而成，最初在肠两侧的外面各出现一条纵沟，因而在前肠管的腔面相应处出现两条纵嵴，当两条纵沟逐渐加深时，相应纵嵴就越来越近，最终会合，将前肠分为两个管道，腹侧成为呼吸道，背侧成为食管，食管有两个来源，其上部和气管上部均由前肠的咽部衍化而成，食管和气管下部由前肠的胃部发育而成。
在第5~6周是内胚层一个上皮增殖管腔暂时闭塞，稍后在实质组织中出现许多空泡，互相融合再次出现官腔的贯通，如食管某一部分未出现空泡或空泡不完全形成了食管闭锁。
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