消化道肿瘤缺乏特异的标志物，但是部分肿瘤标志物增高与消化道的肿瘤有关，比如常见的癌胚抗原(CEA)，糖抗原系列的CA19-9，都会提示可能存在消化道肿瘤。但是有些消化道的肿瘤，可能不会出现任何肿瘤标记物的增高。肝脏特异性的肿瘤标记物是甲胎蛋白，但是也有部分人群，如孕妇、肝炎患者，也会出现甲胎蛋白的轻度增高。
当出现癌胚抗原、糖抗原CA19-9等增高时，要警惕消化道相关的疾病，需要进一步做胃肠镜等相关检查。癌胚抗原、CA19-9等肿瘤标记物，对于消化道肿瘤治疗后的随访，也会发挥一定的作用，如消化道肿瘤的病人，术前癌胚抗原明显增高，可以通过术后动态观察癌胚抗原，进一步判断肿瘤的预后，是否存在复发的可能性。
