伤寒杆菌感染的首选药物是第三代喹诺酮类药物，它具有口服吸收良好，在血液、胆汁、肠道和尿路中的浓度高，能渗透进入细胞内，作用于细菌DNA螺旋酶，从而影响DNA合成，而发挥杀菌的作用，与其他抗菌药物之间无交叉耐药，对氯霉素耐药的伤寒杆菌也具有良好的抗菌活性。
第三代喹诺酮类药物，主要包括左旋氧氟沙星，氧氟沙星，环丙沙星，培氟沙星，洛美沙星等。
对于儿童或孕妇，对喹诺酮类过敏等，不能够应用第三代喹诺酮类的人群可以选择第三代头孢菌素进行治疗，不良反应少，抗菌作用强，复发率低的特点，如头孢噻肟、头孢他啶、头孢曲松、头孢哌酮等。
