益生菌可以用于治疗消化道疾病，如肠易激综合征、乳糖不耐受等。
如果出现下列情况，提示可能缺少益生菌：
1、经常容易出现恶心、呕吐、上腹涨满、打嗝、消化不良等症状，而且病人会出现胀气、排臭屁等。
2、病人出现排便习惯的改变，如出现了便秘或者经常腹泻，胃肠道功能出现紊乱，也是由于肠道益生菌减少而使肠道功能减弱，容易出现便秘或腹泻等不良表现。
3、病人可能经常会合并有食欲不振、腹部胀气、恶心，也是表现为胃肠道功能紊乱的情况，上述都是提示肠道缺少益生菌的表现。
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