甲胎蛋白用来诊断肝癌的证据，首先要排除活动性肝病以及妊娠、生殖腺胚胎源性肿瘤。甲胎蛋白的数值大于200μg/L超过两个月，或者大于等于500μg/L超过一个月，可以做出原发性肝癌的临床诊断。
肝癌的诊断单纯靠甲胎蛋白，并不是有很特异的效果，还需要结合影像学的检查，特别是CT或者磁共振的检查，建议两项影像学检查，明确肝内的肿物为肝癌。再结合相应的甲胎蛋白，能够有效地明确，因为有30%左右的肝癌甲胎蛋白是正常的，所以针对肝内肿物无法确定的情况下，可以再进一步的结合甲胎蛋白来进行综合判定，并不是单纯靠甲胎蛋白来明确肝癌的标准。
