早诊早治，预防为主，减轻炎症反应，防止肉芽形成及抑制介质活性是该病的早期治疗原则。如到晚期病情仍未控制，严重影响关节功能，只能借助手术方法切除局部的骨化。
1、药物
（1）非甾体类抗炎药：
可用于预防以及治疗。可能机制：制止炎症组织痛觉神经冲动的形成，起到抑制炎性反应及止痛作用，包括抑制溶酶体酶的释放及白细胞的趋化；通过对环氧合酶的抑制而减少前列腺素的合成，从而抑制了前列腺素促进间质细胞的增生和扩张血管作用；能抑制间充质干细胞的增殖与迁移，阻断向成骨细胞的分化。常见的有塞来西布、吲哚美辛、消炎痛、布洛芬、阿斯匹林等。
（2)二磷酸盐：
可用于预防及治疗。它是内源性焦磷酸盐类似物，与羟磷灰石有很强的亲和力，阻止磷酸盐晶体的溶解和生长。此外，二磷酸盐起到抗炎作用还可以调节免疫，其机制可能是干扰促炎症因子如II-6，IL-1等。二磷酸盐的主要副作用是长期使用可导致骨质软化，且它只是抑制骨基质矿化，而非抑制骨基质形成，一旦停药，己形成的骨基质可继续矿化，形成“反跳性骨化”，因此对二磷酸盐的使用仍存在很大的争议。代表性药物为依替麟酸二钠、阿仑膦酸钠、帕迷磷酸钠等。
（3）中药治疗：
异位骨化在祖国医学属于癖血痹范畴，机制为外伤停癖，血气凝结，癖血蕴结肌肉组织，日久形成包块硬结，痹阻经脉。治疗以软坚散结、活血化癖、舒筋活络、祛风除湿、通利关节和消肿止痛为原则。如药物熏洗及血栓通联合川芎嗪、外敷通络止痛酊等。
（4）钙离子拮抗剂：
骨化性肌炎如身体其他硬化(如动脉粥样硬化)有相似之处，形成于细胞、组织，由炎症和外伤引起的损伤后的一种病态的愈合。巨噬细胞在器官的硬化中占有重要的地位，在抗原呈递、炎症形成、创口愈合、组织破坏、瘫痕增生等过程中发挥关键调节作用。有文献研究报道，局部使用钙离子拮抗剂可抑制巨噬细胞的分泌和趋化活动，进而抑制BMP-2的表达，从而减少局部钙的沉积，起到治疗骨化性肌炎的作用。已有不少关于钙离子拮抗剂能够通过抑制局部钙积聚等减缓动脉粥样硬化的发展的报道，可见钙离子拮抗剂的确有类似抑制硬化的作用。如地尔硫卓，既有望应用于骨化性肌炎的治疗。但其有负性传导、负性肌力及降压作用，如有相关药物的禁忌，不可应用此药。
（5）激素治疗：
骨化性肌炎也可有局部或关节组织的红、肿、热、痛，酷似急性风湿病。可考虑应用激素治疗，需要强调的是在应用激素期间，做好补钾、补钙、保肝、保护胃黏膜，预防真菌感染等治疗。但目前应用激素治疗骨化性肌炎的相关报道较少，有待于进一步研究。
2、物理疗法
(1）运动疗法
有持续性被动活动训练、关节松动术、肌力训练、牵伸技术及简易器械训练等。有报道称如CPM等被动运动，在不加重病情的前提下，可维持骨化性肌炎的关节活动度。也可在专业医师指导下患者可进行主动活动、借助弹力绷带训练等治疗。骨化性肌炎一旦出现尤其是处于活动期的时候，既局部红、肿、热、痛及活动障碍时，则不应过度进行过度的功能活动。如上述局部症状不明显，则应在疼痛可忍受范围内锻炼，以保持一定的关节活动和功能。
（2）理疗
有超短波、微波、磁疗、激光、超声波及电疗等，但有报道称上述治疗应用在早期可加重血肿，使病情加重，所以理疗的应用关键在于掌握应用的时机，可借助超声检查，判断处于哪一期，选择适当的理疗方法和部位较为关键。因此在何时选择何种理疗方法应用于何部位可进一步深入研究。
3、手术治疗
手术主要切除骨化组织及CT上显示的周边低密度区，以改善和恢复关节的功能，切除时应切除骨化块和连同的薄层正常肌肉，彻底的止血。术后应石膏固定1-3周。但术后仍有复发的案例。
骨化性肌炎是一种自限性疾病，避免及减轻损伤后血肿的形成、清除血肿、避免多次的骨膜损伤、避免强制的被动活动是预防的重要原则。
