经过研究，近年对三叉神经痛的病因有了进一步的认识和了解，大致分为以下两种原因：
1、中枢性原因，三叉神经痛呈阵发性，其实是感觉性癫痫样的放电，放电部位可能位于三叉神经脊束核内或脑中枢其它部位，突然发作，持续时间短暂且有扳机点。抗癫痫药物治疗有效，加之疼痛发作时可在中脑记录到局灶性癫痫样放电，均支持中枢性的病因学说，但此学说难以解释临床所见的其它现象；
2、周围性病因，在三叉神经半月节到桥脑之间的后跟部分，医学文献报告多倾向于周围病变学说。机械性压迫或牵拉三叉神经的根部，主要是邻近血管压迫了三叉神经根，脑血管动脉硬化引起三叉神经的血供不足、多发性硬化或自发性脱髓鞘疾病改变、家族性的三叉神经痛，多数临床资料表明脑血管压迫三叉神经根是原发性三叉神经痛的主要病因。
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