肠镜活检意味着医生需要对可疑的病变进行判别，医生在给患者做结肠镜检查时，需要了解肠镜下发生的是否为病变以及类型、程度，经过治疗后病变有无恢复或痊愈，需要进行活检以了解上述信息。有时还需了解病变的范围、程度，病变是由何类型细菌或感染原所造成，此时需要通过活检采取一定的标本，再进行后续的处理。
后续的处理包括要对所采取的标本进行固定，对采取的标本进行切片、病理学的检查，甚至需要进行免疫组化的检查。通过上述检查，有助于了解是否发生病变以及病变程度，是淋巴细胞浸润还是中性粒细胞浸润，有助于判别是慢性病变还是急性疾病，有无嗜酸细胞浸润，有助于判别是否为过敏性疾病等，所以活检对于肠镜检查可以起到精确诊断的作用。
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