甲状腺功能全套通常包括甲状腺功能和甲状腺的自身抗体，甲状腺功能又包括T3、T4、TSH、游离T3、游离T4。根据甲状腺功能的指标，可以判断甲状腺功能是正常，还是亢进、减退。如果T3、T4水平升高，TSH水平降低，通常考虑原发性甲亢。如果T3、T4、TSH均升高，通常考虑中枢性甲亢。如果T3、T4、TSH均降低，通常考虑中枢性甲减。如果T3、T4降低，TSH水平升高，通常考虑原发性甲减。
甲状腺自身抗体又包括TPOAb、TgAb以及TRAb，如果TPOAb、TGAb阳性，或者两者均阳性，提示自身免疫性甲状腺炎，TRAb阳性是该病的特征性抗体。
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