导致尿毒症常见的病因分为肾实质性因素，包括肾小球性、肾小管间质性和肾血管性疾病，也包括肾前性因素，如脱水、心功能衰竭、肝肾综合征导致的肾缺血。肾后性因素包括各种原因导致的尿路梗阻，其中对国人而言，尿毒症最常见的原因是各种慢性肾小球肾炎，慢性肾小球肾炎蛋白尿、血尿，最终都将进入肾功能减退尿毒症期。对于发达国家，糖尿病肾病、高血压性肾损害是尿毒症最常见的原因，随着我国疾病谱的改变，国人饮食生活水平改变，糖尿病肾病和高血压肾损害也在逐年升高。
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