阴茎流脓一般不会自愈，建议到医院检查确诊以后，对症用药来尽早愈合。当发生阴茎流脓时，首先要考虑性传播疾病，尤其是患者有过不洁的性接触时候，出现阴茎流脓，则最多见为淋病引起，其次多见于非淋球菌性尿道炎。这两种疾病不治疗，不可能治愈。而且不治疗后，随着病情进一步进展，可能会造成尿道狭窄的并发症，严重影响患者的生活质量，甚至以后可能会造成膀胱功能丧失，或者肾脏积水等严重的并发症。其次见于非特异性尿道炎，这种情况多与不洁的性交史无关，表现为局部卫生度较差，或者接触了相关的污染物，可以出现阴茎流脓。长时间反复感染，可以造成尿频、尿急、尿痛影响患者的生活质量，影响患者的夜间休息。同时如不治疗，不能自愈，反而会导致全身菌血症，而出现寒战、发热的现象。
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