胚胎生化的原因有很多，其中最常见的原因就是遗传基因缺陷，也就是胎儿胚胎的染色体发育异常。染色体发育异常的胚胎由50%-60%会自然生化，出现自然流产的情况。另外，母体的因素，也就是孕妈妈会出现全身性的疾病，比如高热，有可能会引起子宫收缩导致流产。再就是有可能合并有子宫畸形。子宫畸形也可能影响胚胎着床和发育，而导致流产。再就是孕妈妈内分泌异常，比如甲状腺功能减退，还有严重的糖尿病、黄体不功能不足，都有可能导致生化妊娠。
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