通常跑步的最佳时间为早上太阳出来30分钟后，早饭后1小时；晚上跑步最佳时间段为19：00-20：30。虽临床上有做过此方面的研究，但具体跑步的时间还需依据个人的体质及生物钟决定，并不能一概而论。
早上植物进行光合作用，空气新鲜，含氧量较高，适合慢跑，若进行快跑，应在早饭后2小时进行，以免对消化不利。夜间19：00-20：30是身体基础代谢率相对较慢的时间段，此时间段进行慢跑可提高体内基础代谢率，有利于减肥，同时夜间适当跑步后1-2小时后入睡，可有效促进睡眠，有利于改善睡眠植物神经功能紊乱。若夜间10点后进行跑步，则会影响睡眠，导致第2天没有精神，影响正常工作与学习。
此外，跑步需适量，不要过度运动，以免造成免疫力降低，同时过度跑步后产生的疲劳也会增加运动损伤的风险。
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