目前治疗尖锐湿疣的方法较多，为帮助广大患者正确、科学的治疗，依据我国及发达国家CDC的诊疗指南归纳总结如下：
（一）一般原则：
尖锐湿疣治疗的一般原则是：1）以去除疣体为主要目的，但采用一般的去疣疗法仍有20％-30％的复发率。2）同时应对其性伴进行检查及治疗。3）患者治疗和随访期间应避免性行为。4）任何外用药物治疗都可能发生皮肤黏膜反应，包括瘙痒、灼热、糜烂以及疼痛，故应定期复诊。5）即使疣体脱落、皮损恢复也应观察3-6个月。
（二）病人可以自己治疗的方法：
男女可用，单个疣体直径5mm，疣体团块直径10mm，疣体数目15个。
1、0.5％鬼臼毒素（足叶草毒素）酊（或0.15％鬼臼毒素霜）。外用。孕妇忌用。
2、5％咪喹莫特（imiquimod）霜。外用。孕妇忌用。
（三）到医院治疗的方法：
1、冷冻疗法：利用-196℃低温的液体氮，采用压冻法治疗尖锐湿疣，促进疣组织坏死脱落。
2、激光治疗：通常用CO2激光，采用烧灼法治疗尖锐湿疣
3、电灼治疗：采用高频电针或电刀切除湿疣。方法：局部麻醉，然后电灼，本疗法适应数量少，面积小的湿疣。
4、微波治疗：采用微波手术治疗机，利多卡因局麻，将杆状辐射探头尖端插入尖锐湿直达疣体基底，当看到疣体变小、颜色变暗、由软变硬时，则热辐射凝固完成，即可抽出探头。凝固的病灶可以用镊子挟除。为防止复发，可对残存的基底部重复凝固一次。
5、艾拉光动力疗法：目前较好的治疗方法，但价格昂贵。“艾拉-光动力”的治疗原理：局部应用光敏剂，经过光动力的光源照射后，迅速激发光动力反应，在靶组织中产生大量的单态氧同时释放出荧光，单态氧的细胞毒性作用将导致靶组织细胞坏死或凋亡，或影响疣体细胞功能，使其发生不可逆的损伤，最终使病变组织死亡、脱落，同时杀灭并清除隐性病灶，恢复正常的形态和功能；而邻近正常组织则不受任何影响。
6、80％-90％三氯醋酸外用。
7、外科手术切除。疣体较大，无法进行上述处理。
（四）反复发作时的治疗方法：
1、对于频繁复发的病例，特别是尿道口、肛门周围、女性尿道及宫颈的尖锐湿疣。
2、患者免疫状态低下，如HIV感染、糖尿病、、肝病、妊娠及器官移植患尖锐湿疣者。
除使用上述去除疣体的方法外可以使用一些调节机体免疫状态的药物，如干扰素、白介素、胸腺肽等，以提高免疫降低复发。
（五）亚临床的处理：
对于无症状的亚临床感染目前尚无有效的处理方法，一般不推荐治疗。对于醋酸白试验阳性的可疑感染部位，可根据情况给予相应的治疗。
