膀胱结石一般继发于上尿路结石，其主要是由于肾结石和输尿管结石下行至膀胱所导致。膀胱结石也和营养不良、低蛋白血症有关，但多发生于小孩。主要由于营养不良和有低蛋白血症时，引起体内维生素和微量元素的缺乏，更容易引起膀胱内尿液结晶出现，因此会更容易形成结石。此外，膀胱结石也可由于膀胱出口梗阻，以及反复的尿路感染所导致，主要由于膀胱内的尿液和沉淀物相对静止，当患有膀胱出口梗阻疾病时，如前列腺增生，膀胱内尿液排出受限，会有大量残余尿，更加容易造成尿液过饱和引起结晶聚集，进一步形成膀胱结石。而反复的膀胱炎容易引起膀胱内细菌繁殖，进而引起磷酸镁铵的生成，其会成为结石形成的核心。
