先天性脊柱裂的鉴别诊断，主要与发生在脊柱中线部位的病变相鉴别，常见的鉴别诊断主要有：
1、骶尾部畸胎瘤，骶尾部脊膜膨出需要与骶尾部囊性畸胎瘤相鉴别。畸胎瘤多略偏于一侧，用手挤压肿物并不会缩小。脊膜膨出X线平片可以见到脊柱裂。有骨及钙化组织则为畸胎瘤。
2、皮下囊肿，临床表现为略微突出皮肤的圆形、光滑肿物，质地较软，病理上皮样囊肿为含两个胚胎的肿物，肛门指诊可以触及尾骨尖。
3、脊髓瘤，临床上比较罕见，原发于残余脊索组织，多见于骶尾部，临床症状上为局部肿块及疼痛，肿物生长缓慢，X线平片可以显示溶骨性骨质破坏，但是不侵犯关节。
