吲哚美辛栓一般是不建议14岁以下小儿使用，如果必须应用，则需要在医生的密切观察下，以防止严重不良反应的发生。吲哚美辛栓的有效成分吲哚美辛是非甾体抗炎药，具有抗炎、解热及镇痛的作用。它的不良反应比布洛芬、萘普生及双氯芬酸钠都要多。
比较常见的有胃肠道反应，如消化不良、胃痛、胃部烧灼感、恶心、呕吐、反酸等，严重者可能会导致胃溃疡、胃出血甚至胃穿孔。神经系统不良反应有头痛、头晕、焦虑、失眠，严重者会有精神行为障碍。此外还可能会引起血尿、肾功能不全、皮疹以及造血系统受抑制等副作用。因此孕妇和哺乳期妇女禁用，老年患者也应慎用。
