甲胎球蛋白升高首先做肝脏的B超、CT以及磁共振检查。如果明显的升高，大于400ng/mL，持续一个月以上，就是原发性肝癌，诊断明确。同时如果甲胎蛋白>200ng/mL，持续两个月以上也可以诊断原发性肝癌。
对于甲胎球蛋白轻度升高，如果说有乙肝或者是丙肝等病史，可以考虑动态观察，结合B超、CT等检查，以明确有没有原发性肝癌的可能，或者是慢性肝病也可以导致甲胎蛋白轻度升高的情况。甲胎蛋白是原发性肝癌的肿瘤标志物之一，明显升高达到原发性肝癌的诊断标准时，需要明确有没有肝脏的占位性病变。
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