除了部分由于甲状腺炎导致的一过性甲减以外，甲减患者一般不能治愈，需要终身的使用左甲状腺激素替代治疗，也有少数桥本氏甲状腺炎患者自发性缓解的报道。药物主要选择左甲状腺素钠替代的剂量，与患者年龄、体重和甲减的严重程度密切相关，治疗剂量应该个体化。
儿童甲减需要相对较高的剂量，而老年患者需要较低的剂量，对于老年人会有冠心病史的人，起始剂量应该更小，缓慢加量，以防诱发或加重心肌缺血。甲状腺癌术后造成的甲状腺功能减退，需要使用左甲状腺激素抑制治疗，甲状腺癌术后所需要的剂量更大，甲减患者服用左甲状腺素钠，药物实际上相当于食物，终身不能够停用。
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