如果巧克力囊肿已经破裂，建议急诊手术将破裂的囊肿切除，并且在术中尽量清洗盆腔。主要是将盆腔内破碎的囊液全部清洗干净，避免具有活性的子宫内膜细胞种植在其他脏器上，而引起子宫内膜异位症。在术后用达菲林治疗半年，避免囊肿的复发。另外，也可以在宫内上曼月乐环，主要是使子宫内膜萎缩，达到治疗子宫内膜异位症的目的，避免巧克力囊肿复发。在术后一定要定期的复查，每半年做一次B超检查。
