胚胎停育比较常见的原因就是胚胎或胎儿染色体本身发育有异常，比较常见的就是三体染色体数目异常。另外母亲如果患有严重的全身性疾病，像严重的感染、严重贫血、心衰、慢性消耗性疾病、慢性肝肾疾病或高血压，都有可能会导致流产和胚胎停育。另外，如果子宫发育畸形、双角子宫、子宫纵隔、黏膜下子宫肌瘤、子宫腺肌瘤，都会影响胚胎着床发育导致流产。如果女性内分泌功能异常，像黄体功能不全，高催乳素血症、多囊卵巢综合征、甲状腺功能减退，也可以导致胚胎停孕。如果妊娠期接触过多的射线，过度紧张，焦虑，忧伤等一些不良刺激，过度吸烟，酗酒也可以导致胚胎停育。近年来有研究表明父亲染色体，就是精子的染色体发育异常也可以导致胚胎停育。
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